Domácí pohár MOL Cup představil mnohé novinky. K největším patří změna hracího systému, všechna kola se nově budou hrát pouze na jeden zápas, odpadají tak dvojzápasy od osmifinále po semifinále. Dále se opět zavádí 2x15 minut prodloužení v případě nerozhodného výsledku, zatímco doposud se v takových případech rovnou kopaly penalty. Každé kolo se navíc losuje zvlášť a není tedy tvořen předem pavouk.

Slavia má jako pohárový účastník v novém systému MOL Cupu výsadu, že vstoupí do soutěže až mezi posledních 32 týmů. Bude nasazena, což znamená, že dostane za soupeře některý z týmů nejvýše druhé ligy. Pokud bude vylosována proti týmu ze třetí nebo nižší ligy, bude hrát venku, pokud proti druholigovému týmu, o pořadateli rozhodne los. Třetí kolo MOL Cupu je na programu 21. září.

V osmifinále (posledních 16 týmů) bude Slavia v případě postupu rovněž jistě nasazená, dostane soupeře z 8 slabších účastníků osmifinále (dle pořadí v minulé sezóně) a pořadatele utkání určí los. Termín osmifinále je 26. října.

Teprve ve čtvrtfinále může být Slavia jako pátý tým ligy nenasazená, a to pokud všechny čtyři týmy, které skončily loni před Slavií, rovněž postoupí do čtvrtfinále. Pořadatele zápasu určí los, termín je 5. dubna 2017.

Semifinále se losuje již bez nasazení, pořadatele opět určuje los, termín je 26. dubna 2017.

Finále se jako vždy hraje na neutrální půdě, kterou vybere FAČR. Termín je 17. května 2017.